Gereja Katolik di Mesir (Arab: الكنيسة الكاثوليكية في مصر ) adalah agak kecil berbanding dengan penduduk Kristian yang lain di Mesir, yang merupakan minoriti yang ketara di kalangan (terutamanya Sunni) Muslim. Penduduk Katolik di Mesir dikatakan bermula semasa penguasaan British di Mesir. Walau bagaimanapun, ramai yang kembali ke Eropah selepas Revolusi 1952 di Mesir, yang juga menyebabkan penggulingan dan pengasingan Raja Farouk I dari Mesir. Umat Katolik di Mesir tergolong dalam tujuh Gereja-gereja tertentu sui iuris yang berbeza, yang terbesar ialah Gereja Katolik Koptik, diketuai oleh Patriark Iskandariah.
Majoriti penganut Kristian di Mesir adalah ahli Gereja Ortodoks Koptik Iskandariah. Jumlah penganut Katolik (kurang daripada 200,000) di Mesir membentuk kurang daripada 1% daripada jumlah penduduk Mesir, iaitu kira-kira 100 juta orang. Kebanyakan penganut Katolik Latin Mesir berketurunan Itali atau Malta, manakala penganut Katolik Yunani Melkite dan Katolik Maronit Mesir kebanyakannya berketurunan Syro-Lubnan.